Und wieviele Konfigurationsdokumente hast Du dort? Nur eines, das für alle Server gilt, oder mehrere für Servergruppen oder einzelne Server?
Wenn der betroffene Dominoserver ein eigenes Konfigurationsdokument hat, solltest Du es dort ändern und nicht in einem evtl. vorhandenen, globalen.
P.S.:
Mit dem globalen Domänendokument, hat das alles erstmal nichts zu tun. Darin definierst Du, für welche lokalen Internetdomänen der Dominoserver überhaupt Mails annehmen soll. Das funktioniert bei Dir ja.