Das Verzeichniss umziehen ist IMHO nicht möglich. Hier scheitert das nicht unbedingt an Notes, sondern an der MSI-Installationsroutine. Ist bereits eine Notesinstallation vorhanden, dann kann man im Installshieldtuner einstellen was man will, er nimmt immer den "alten" Pfad, was auch Sinn macht.
Man kann sicherlich selber was basteln, aber das wird dann halt mehr oder weniger aufwendig. Bei "sinnvoller" Planung wäre das allerdings nicht passiert...
Ich vermute, dass wenn Du den entsprechenden Key in der Registry unter HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall löscht, dass Du dann Lotus Notes in dem von Dir gewünschten Verzeichnis installieren kannst. Allerdings zieht es dann natürlich nicht die Konfiguration um. Das müsste man per Batchdatei machen, und als kleine Herausforderung, dann noch in der NOTES.INI die Pfade anpassen...
Wenn es sich nicht um allzuviele Clients handelt, dann würde ich das per RemoteControll machen, und dann alle Clients identisch einrichten. Dann ist es zukünftig mit den Updates easy going...