Genau wie Carsten das sagt und ich ebenfalls schon am Anfagn gestgestellt habe: das Globale Domänendokument hat nix mit Notes-Domänen zu tun. Die Einstellung, die Du in dem Doc erwähnst, besagt nur, welche Domänen-Absender mit diesem GlobalDomain-Dokument bearbeitet werden.
Mit einem "Fremden Domänen Dokument" und einer entsprechenden "Gateway-Datenbank" haben wir das zu R5-Zeiten bei Kunden schon gemacht, das funktioniert. Mit Rules unter R6 denke ich auch, dass man es hinbekommen kann. Von der Möglichkeit, direkt in der Server-Mehldose einzugreifen, würde ich eher abstand nehmen, es sei denn, man hat Lust, eine ExtensionManager Routine zu schreiben.