Theoretisch: Zwei Arbeitsumgebungen mit entsprechenden Konten (POP3 und SMTP). Wo es dann klemmen wird: Die Absenderadresse, die ja auch im Mail-File hinterlegt ist.
Da Du sowieso die Mails mit zwei unterschiedlichen Arbeitsumgebungen abholen musst, würde ich auch die Mails auf zwei Dateien aufteilen. Das ist das saubere Verfahren.
HTH,
Bernhard