Eigentlich ist jeder Ordner (außer die Standard-Ordner) noch im alten Design, da sie vor Änderungen geschützt sind und somit nicht automatisch aktualisiert werden per Schablonenwechsel.
'-u' ist der Parameter für den convert-Befehl. Wenn der User am selben Tag noch mit der Mail-DB arbeiten soll, sollte man allerdings danach nochmal den den convert-Task ohne '-u'-Parameter drüberjagen, denn sonst gibt es Probleme mit z.B. dem Regel-Ordner (wird, glaube ich mich noch zu erinnern, nicht in der linken Navigation angezeigt).
Das nächtliche Design-Update behebt das Problem zwar, aber schneller geht es wie oben beschrieben.