Also ich bin da gleicher Meinung wie Bernhard, nach allem, was ich darüber weiss, kann der FTI nicht verschoben werden. Hat vermutlich seinen Grund in der Performance.
Jetzt mal unabhängig vom N6 Admin, da bin ich eigentlich der Meinung, einen Datenhaufen im Root des Domino zu haben ist in jedem Falle nicht sehr wünschenswert, ich tendiere dazu, im Root wirklich nur das reinzustellen, das unbedingt dort sein muss. Lotus tut da eh schon viel zu viel rein (die ganzen Templates würden da eigentlich nicht hingehören, D6 sucht jetzt wenigstens auch bei Datenbnak-Neu in Unterverzeichnissen und nicht nur im Root).
Somit: unabhängig vom Migrationszeitpunkt würde ich dringend anraten, das Root aufzuräumen.