Ist der Agent signiert?
Wenn du per Hand startest, läuft er normal mit deinen Rechten, nach Zeitplan mit dem signierten Namen, wenn der dann keine Berechtigung hat, Pech gehabt.
Was steht denn im Log? Kommt irgendeine Fehlermeldung?
Setze in notes.ini den Parameter
LOG_AGENTMANAGER=1
und schau dann die Fehlermeldung an.