Wenn Du den Dienst beendest, dann fährt der Server runter... aber Du hast insofern recht: Das Runterfahren mittels QUIT bewirkt keinen Stop des Dienstes, der Server Controller läuft weiter, damit man den Server remote wieder starten kann.
Dienst beenden geht über
sc stop "Name des Domino Dienstes"
oder
net stop "Name des Domino Dienstes".
Den exakten Namen kannst Du in den Eigenschaften des Dienstes anschauen. Weil im Dienstname der Pfad des Servers mit drin ist, und außerdem der Name von Version zu Version unterschiedlich ist, kann niemand Dir den korrekten Namen für Deinen Server sagen.