Ich hatte einmal einen Agenten, der auf Dokumente zugriff, auf die er keine Leserechte hatte (frag mich aber keiner, warum der dann das Dokument gefunden hatte). Bei diesem Dokument war doc.Items auch kein Array. Seither wird an der Stelle zusätzlich für jedes Dokument geprüft, ob doc.Items ein Array ist.
Vielleicht hast Du dem Dokument ja alle Items gelöscht, und Notes glaubt jetzt, dass das Dokument nicht gelesen werden darf. Dann wäre es evtl. logisch, dass man Dokumente nicht löschen kann, die man nicht lesen darf.
Das ist nur mal so ins Blaue geschossen ...
Erstelle doch mal von der Datenbank eine Replik und prüfe, ob die Dokumente in der Replik vorhanden sind.