Ganz sicher ist LDAP eine Lösung.
LDAP ist da Protokoll, um Daten aus einem (irgendeinem) Directory zu ziehen. Ob es jetzt ActiveDirectory, eDirectory oder DominoDirectory ist, ist dabei ziemlich gleich. Entscheidend ist, dass eventuell eine MappingTabelle aufgebaut werden muss, daher Skype eventuell Felder (Feldnamen) erwartet, die so nicht im DominoDirectory stehen.
Ich würde also gar nicht speziell suchen, wie man Skype an Domino anbindet, sondern wie ich grundsätzlich Daten über LDAP ranziehe.
Unterstützt Euch denn jemand bei der Einführung von Skype for Business? Derjenige sollte Euch doch auch im Vorfeld schon Hilfestellung geben können, wie eine LDAP-Anbindung aussieht.