Kurzer Zwischenbericht:
Die Ursache liegt, wie schon vermutet, im Linux-Umfeld. In der Startdatei des Domino-Servers, der die Zeichen falsch ausgab, wird jetzt mit LC_CTYPE="" die Variable geleert, damit geben beide Server gleiche Werte zurück.
Bisher soll dort de_DE.UTF-8 gestanden haben, wir nahmen an, dass das korrekt sei.
Hier wird noch ein bisschen weitergesucht, aber die Stellschraube scheint gefunden zu sein.
Sollte noch irgendetwas berichtenswertes auftreten, werde ich es hier bekanntgeben.
Vielen Dank allen Antwortern und Mitdenkern!