Wenn nur der Domino Server neu gestartet oder auch beendet wird, läuft immer noch der Server Controller (jconsole.exe). Da ist ja gerade der Witz an der Sache, nur so kann ich einen Domino Server, der beendet wurde, von einer Remote Workstation aus wieder starten.
Daher muss der Server Controller neu gestartet werden, damit er die Änderung in <domino_dir>\jvm\lib\security\java.security mitbekommt. Unter Windows sollte es dazu auch genügen, nur die Domino Dienste neu zu starten. Außer natürlich, man hat einen triftigen Grund, auch das Betriebssystem neu zu starten.
Es gibt die Information zur "verbesserten Sicherheit" auch mittlerweile offiziell und online bei IBM. Der "Flash (Alert)" - für eine Tech Note hat es wohl nicht gereicht - hat die Referenznummer 1977125 und ist momentan hier zu finden:
http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21977125&myns=swglotus&mynp=OCSSKTMJ&mync=E&cm_sp=swglotus-_-OCSSKTMJ-_-EUnwahrscheinlich, dass der Link in ein paar Monaten noch funktioniert, ist ja IBM.
Was auch im "Flash (Alert)" leider nicht steht: Wer das Update auf die IBM J9 VM build pwi3260sr16fp20-20160111_01(SR16 FP20) auch auf seiner Workstation installiert (was zunächst einmal keine schlechte Idee ist), macht damit seine lokale Domino Console natürlich auch kaputt. Das heißt, nach dem Update kann man sich ebenfalls mit keinem Server mehr verbinden, auch nicht mit ungepatchten.
Immerhin ist die Lösung genau dieselbe, wie auf dem Server, also das bereits angesprochene Editieren der java.security Dateil