Ok, Frage hat sich geklärt. Der Treiber heißt bei Microsoft im Original sqljdbc42.jar, der alte existierende sqljdbc4.jar. Ich hatte diesen dann umbenannt und die alte Version mit .old im Verzeichnis gelassen.
Nachdem ich das Original wieder auf sqljdbc42.jar gesetzt und dies auch in der Notes.ini angepasst , sowie die alte Datei aus dem Verzeichnis entfernt habe, kommt die Meldung nicht mehr.