Du kannst zum einen das versuchen:
http://www.timtripcony.com/blog.nsf/d6plinks/TTRY-9E3U72 - Das Aussehen des Designers ist dann Geschmackssache
oder die Datenbanken im Navigator-Panel löschen (Help / Show view / Navigator oder so ähnlich)
Hier muss man aber aufpassen was man klickt. Nicht dass du sie tatsächlich löscht.
Ich persönlich verwende Workingsets, meist Name des aktuellen Prokekts, "Test", etc. und versuche beim Öffnen gleich ein passendes Workingset anzugeben in welches es eingeordnet wird. Wenn was fertig ist (oder mir die Gesamtliste einfach wieder mal zu unübersichtlich wird) nehm ich mir halt mal 5 Minuten und räume auf. (So lange dauert das Entfernen ja dann auch wieder nicht, zumindest bei mir sind es ca 10 sec pro DB)
Im Datenverzeichnis bzw. Workspace Ordner räume ich von Zeit zu Zeit auch auf (alte On-Disk Projekte werden hier einfach gelöscht. Die Cache-Verzeichnisse, die aus dem Servernamen bestehen, kann man ebenso löschen. Ebenso schadet es nicht in logs und IBM_TECHNICAL_SUPPORT mal nachzusehen, was da alles an alten Logdateien rum liegt.)
Gruß
Roland