Du könntest eine lokale Kopie des Adressbuchs erstellen, dieses dann einmalig aufräumen und alle doppelten Kontakte rauswerfen, damit Du eine saubere Version erhältst.
Dann löschst Du das lokale Adressbuch und replizierst durch, bis sowohl auf dem iPhone als auch im Mailfile keine Kontakte mehr zu finden sind.
Danach würde ich sicherheitshalber noch das Replizierprotokoll löschen (rechte Maustaste auf DB, Anwendung, Eigenschaften).
Jetzt die sauberen Kontakte aus der Kopie wieder reinkopieren.