Ok, ist gelöst.
Das "Problem" liegt daran, dass Dokumente, die geteilt werden, quasi auch hochgeladen und dabei komprimiert und konvertiert werden, wobei es zu besagten Darstellungsfehlern kommt.
Das Beste ist, entweder seinen ganzen Bildschirm zu teilen oder die jeweils laufende Applikation (z.B. Adobe Reader, Powerpoint) und diese dann in den Vollbildmodus zu versetzen.
Zudem macht es wohl auch einen Unterschied (hinsichtlich Funktionalitäten) ob man sich über einen Webbrowser zum Meeting dazuschaltet oder über den Sametime-Client, wobei die Darstellungsfehler auch hier auftreten.
Wir schicken die beiden Dokumente vermutlich mal an IBM weiter und schauen dann mal was bei rauskommt.