Nö.
Aber was Du über Classloader Hierarchien schreibst, ist aus meiner Sicht ein wenig irreführend.
Findet der Java Classloader eine Klasse, die er bereits geladen hat, läd er sie nicht neu. Es wird also immer die zuerst geladene Klasse "genommen". Es wird also kein Fehler gemeldet, weil die Klasse 2x geladen wird.
Classloader befinden sich in definierten Hierarchien.
Die in lib/ext werden früher geladen, als Klassen, die Du etwa an einen Agenten hängst (meist sowieso eine schlechte Idee).
In Websphere kannst Du einstellen, dass sich für bestimmte Anwendungen die Reihenfolge der Classloading Hierarchie umdreht, also es werden zuerst Klassen in jars in der Applikation und später bestimmte libs, etc. geladen.
Einen solchen Mechanismus gibt es für Domino nicht.