Tja: da hattest Du mit deinen best practices einfach bisher nur Glück.
Denn die leere Inbox ist ein relativ häufiges phänomen, auch wenn ich gestehen muss, dass ich es in 8.5 lange nicht hatte.
Allerdings ist Bernhards Beschreibung nur eine mögliche Ursache. Aus Deiner Fehlerbeschreibung gehe ich eher von was amderem aus: ist die Inbox während des design replace gesperrt (weil der router grade ne mail reingelegt hat, oder der benutzer in dem moment drin steht, oder der indexer aus einem anderen grund geradevein update der Inbox macht, dann kann der convert sie nicht löschen. Trotzdem legt er eine neue inbox an. Du hast also jetzt höchstwahrscheinlich zwei inbox- Ordner in der Mailfile. Im client siehst Du das nicht, musst also mit dem designer ran: datenbank im designer aufmachen, einen der ordner umbenennen, und dann siehst du beide ordner und kannst die Inhalte zusammenführen. Bei gleichnamigen Ordnern ist es Glückssache, welchen der Client anzeigt, deshalb siehst Du die Inhalte, und der User nicht (ihr seht unterschiedliche inboxen). Auch in welchen der beiden ordner der router die mails ablegt ist zufall, auch wenn er immer den selben nehmen wird...
Wenn Du sowas machat also IMMER so vorgehen wie in der Hilfe beschrieben:
Tell router quit
Load convert
Load router
Und sichergehen, dass der client die Mailbox nicht offen hat (und auch sonst niemand).
Damit kannst Du das Risiko gut verringern....