Eine Idee hätte ich noch:
Wenn Dein Abgleich-Agent von einem technischen User unterzeichnet wird, brauchst Du nur das Zieldokument zu speichern. Dann gleichst Du nur die Dokumente ab, die zuletzt von einem anderen als dem technischen User geändert wurden (also LastModified in db1 ist jünger als in db2 und letzter Bearbeiter ist nicht der technische User. Den letzten Bearbeiter findest Du in $UpdatedBy, dort der letzte Eintrag (nur 99% sicher, bitte überprüfen)).
Das ist allerdings etwas wackelig, da Du wirklich sicherstellen musst, dass der Agent nur von diesem einen User gestartet wird (Stichwort Rezertifizierung, neue Certifier usw.). Du könntest aber in den Agenten eine Überprüfung einbauen, ob der richtige User den Agenten startet und im Fehlerfall mit einer Fehlermeldung im Log abbrechen. Wenn dann irgendwann einmal nicht mehr synchronisiert wird, muss nur noch die Fehlermeldung gefunden und verstanden werden.