Wenn Du die Frage klären kannst, wie Du automatisiert die Verzeichnisnamen der Userverzeichnisse bereitstellen kannst, dann brauchst Du Dir nur ein Agentileinchen zu schreiben, der dort die Bookmarks öffnet und dann ein NotesDatabase.Compact oder .CompactWithOptions macht.
Notfalls musst ab dem Node über den Userverzeichnissen durch alle hindurchloopen und checken, ob es dort eine bookmark.nsf gibt.
"Irgendein" Tool wird immer an den Namen der Userverzeichnisse scheitern.
Bernhard