Ich beschäftige mich derzeit auch mit dem Thema, und bei uns hat das ganze recht problemlos funktioniert. Ich habe auch mit dem Installshield Tuner (für Notes7) eine mst-Datei erstellt, und alle Schablonen ausgewählt und installiert.
Das ganze verteile ich per Softwareverteilung (Baramundi) und das funktioniert bisher wunderbar (haben aber auch erst ein paar Clients gemacht)....
Ich würde wie folgt vorgehen:
1. Du kannst im Installshield Tuner relativ gut ja einen Testlauf fahren, und dann siehst Du ob Deine Auswahlen passen
2. Eventuell liegt es aber auch ana der Installation per Gruppenrichtlinie. Was ist wenn Du das ganze über eine Batchdatei installierst, z.B. mit folgendem Aufruf:
msiexec /i "Lotus Notes 7.0.2 de.msi" /qn TRANSFORMS="meine_anpassungen.mst"
So habe ich das zuerst ausgetestet. Dies erfordert allerdings einen vorhandenen Windows-Installer, ich meine 3.x...
Gruss
Martin