hi,
also ich rate meinen Usern in der Regel von der "automatischen" oder "halbautomatischen" Archivierung" ab.
Ich persönlich habe da immer das Gefühl, dass Notes da irgendetwas im Hintergrund treibt und löscht und man selbst gar nicht kontrollieren kann, was da genau gelöscht wird.
Bei Deinem Fall könnte es an Antwortdokumente liegen. D.h. es gibt in der Notesarchivierung unter dem Menü "Aktionen - Archiv - Einstellungen - Erweitert" die Option "Keine Dokumente löschen, die über Antworten verfügen." Das wären z.B. Mailverläufe, in denen auf eine Mail geantwortet wurde oder auch wiederholende Kalendereinträge.
Ansonsten habe ich auch die Erfahrung gemacht, dass Notes nicht alle Dokumente, die der Auswahl entsprechenden, archiviert.
Ich persönlich archiviere manuell. D.h. über "Ansicht - Alle Dokumente" nach Größe oder Datum sortieren, die gewünschten Mails markieren und per Drag und Drop ins Archiv auf der linken Seite unter "Werkzeuge - Archiv - "Name des Archivs" ziehen. Dann wird auch wirklich das archiviert, was man möchte (= volle Kontrolle).
Die Ordnerstruktur bleibt dabei erhalten. D.h. lag ein Mail unter dem Ordner xy, wird es dort auch hinarchiviert bzw. der Ordner angelegt, falls er noch nicht existieren sollte. D.h. man muss nicht Ordner für Ordner manuell archivieren