Über die bestehende Datenbank müsste man mehr wissen, sonst ist es sehr schwer, hier eine brauchbare Lösung vorzuschlagen. Braucht die DB Dokumente zur "Selbstverwaltung" ? Meinst Du vielleicht gar eine Datenbank "zur Userdaten-Verwaltung", die zum System gehört (Domino Directory) ?
Prinzipiell: Wenn Du nicht weisst, wie Du solch eine (eigentlich sehr simple) Aufgabe lösen sollst, würde ich für einen derartigen Stunt einen externen Fachmann hinzuziehen. Die ist vermutlich mit dem Thema in sehr wenigen Stunden fertig - hat aber die Chance, die konkreten Bedingungen gezielt auszuloten.
Wie Matthias schon schrieb, gibt es prinzipiell zwei Möglichkeiten: Ist die DB sehr einfach und braucht (fast) nix zur Selbstverwaltung: Neue Replik mit anfangs gültigen restriktivsten Replizierparametern. Diese zum Zeitpunkt der Fusion dann aufheben.
Ist dies nicht möglich, Kopie und ein Agent zur Übertragung der Daten in die "Winner-DB".
Auf jeden nicht machen: Reolik erzeugen und daraus "unbenötigte" Dokumente löschen. Das bewirkt den Super-GAU.
Empfehlung: Da das Know-How bei Euch nicht da ist, Fachmann hinzuziehen. Diese Aufgabe könnte der mit hoher Wahrscheinlichkeit sogar remote erledigen, und in kurzer Zeit. Vorteil: Ihr habt eine Garantie (solltet Ihr explizit verlangen), es ist (vermutlich) in sehr wenigen Stunden erledigt, und Ihr könnt dabei noch lernen (auch das verlangen - Erklärungen !)
HTH,
Bernhard