Ich weiß net, ist nur ein ansatz... aber kannst mal Probieren, die DB im Designer zu öffnen, in die Ordneransicht zu gehen, und das Häkchen "vor aktualisierung schützen" zu setzen.
Danach machst du die Schabone über die Datenbank (teste es vorher lieber mit einer Lokalen Replik!). So dürfte er die Die Ordner nicht löschen. Danach aktualisierst du mit Strg+Shift+F9 alle ansichten, und dann unter Aktionen die Ordnergestaltungen...