Ich würde das nicht anders machen. Nebenwirkungen beim Benutzen eines Deinstallers sind da tatsächlich zu befürchten, insbesondere, da in der Reh-Schizophrenie immer nur eine einzige Installation aktiv ist.
Andere Frage: Du erwähnst verschiedene User, dafür würde es doch eigentlich genügen, unterschiedliche Datenverzeichnisse zu haben, da braucht es nicht mehrere Programminstallationen. Man muss nur dafür sorgen, dass beim Start die richtige notes.ini mitgegeben wird (und dafür gibt es mehrere Möglichkeiten)