Das habe ich noch nie gehört. Vielleicht hast du Kuddelmuddel bei den installierten Domino-Versionen.
Ansonsten mach
- logging (mit System.out.prinltn() statements oder log4j oder verwandtes)
- debugging (z.B. mit Eclipse oder Netbeans).
So sollte man doch irgendwie an eine aussagekräftige Fehlermeldung kommen können. Oder

Vielleicht liegts auch daran:
Versuche es neu zu kompilieren und stelle sicher, dass du Notes.jar aus Domino6 im Classpath hast und n.i.c.h.t notes.jar aus Domino5.
Gruß Axel