Wenn der Kram da ist, dann sollte das auch installiert sein. An der mangelnden XPages Installation sollte es wohl nicht liegen.
Was sagt denn der Server, wenn man den http task neu startet? Da sollte dann was von "XSP Command Manager startet" oder so stehen.
P.S.
2.000 Anwender? Da habe ich kein Mitleid. Ich laufe auch mal durch den Serverraum, ziehe Willkürlich Patchkabel und rufe dann ganz laut "LAG! LAG! LAG!"