Ich gebe zu, dass ich jetzt erst Deine Ursprungsfrage richtig verstanden habe ...
Die Einstellung in dem Agenten hat nach meinem Verständnis nichts damit zu tun. Läuft der Agent über alle neuen und geänderten Dokumente, befinden diese sich in der Collection NotesDatabase.UnprocessedDocuments.
Suchst Du im Agenten nun z.B. alle Dokumente mit NotesDatabase.AllDocuments, bekommst Du auch alle Dokumente, egal, wie der Agent eingestellt ist.
Gleiches gilt, wenn der Agent für alle Dokumente der Datenbank eingestellt ist. Suchst Du im Script z.B. ein ganz konkretes Dokument heraus, um es zu bearbeiten, läuft der Agent dabei nicht automatisch über alle Dokumente der Datenbank.
M.W. besteht der Unterschied nur im Inhalt der Collection UnprocessedDocuments (ist ungetestet, bin mir aber sehr sicher, dass es so ist).