Ich denke nicht, dass das grundsätzlich etwas mit Execute zu tun hat. Was sind das für Dokumente, die Du änderst? Sind die geöffnet oder gespeichert? Wie greifen Deine Scripte darauf zu? Wird vor dem Execute z.B. das Dokument initialisiert, dann das Execute ausgeführt und danach auf die Variable des vorher initiierten Dokuments zugegriffen?
Falls es so ist, lösche nach dem Execute das Dokument-Objekt (Delete doc) und hole es neu, dann werden die Daten stimmen.
EDIT: Oder alternativ definiere die Variablen, die Du gemeinsam im Execute und dem übrigen Script verwendest, global. Dann greifen beide Scripte auf den gleichen Speicherplatz zu.