Zum Ersten:
Vermutlich hast Du vorher mit anderen System wie Outlook gearbeitet, die da wohl anders ticken. Auch wenn Du ein Dokument in einer Notes-Datenbank in mehrere Ordner verschiebst, bleibt es ein einziges Dokument. Der bzw. die Ordner wissen, welche Dokumente sie enthalten. Löschst Du nun ein Dokument in einem Ordner, löschst Du das Dokument. Du löschst es nicht in diesem Ordner, sondern Du löschst es in der Datenbank. Ich meine Outlook erstellt eine Kopie des Dokuments, dass im Bedarfsfall aus jedem Ordner auch wieder einzeln gelöscht werden muss, m.E. ein gruseliges und unsinniges Verhalten.
Deshalb ist der Unterschied zwischen Löschen (aus der Datenbank) und Entfernen (aus dem Ordner) ein ganz wesentlicher. Die einfachste Variante, das Löschen von Dokumenten zu verhindern, ist der Entzug des Löschrechts über die ACL.
Zum Zweiten:
Das Löschen eines Ordners löscht nicht die Dokumente, die sich darin befinden. Auch das ist ein wesentlicher Unterschied zur MS-Welt, der sich aus der o.g. unterschiedlichen Struktur ergibt. Ob man es verhindern kann, einen privaten Ordner zu löschen (ich nehme an, dass Du von der Maildatenbank sprichst), ist mir nicht bekannt. Gemeinsame Ordner können nur mit Entwicklerrechten aus dem Design entfernt werden. Allerdings kommt (zumindest bei mir) eine Abfrage, ob der Ordner wirklich gelöscht werden soll.
Es wäre daher gut zu wissen, von welchem Umfeld Du sprichst. In ein gemeinsames Postfach könnte man z.B. gemeinsame Ordner einbauen (lassen), die nicht vom gewöhnlichen Benutzer entfernt werden können.