Das kenne ich auch, bei uns kommt es vermutlich durch automatisierte Speicherungen im Ablauf. Es tritt nicht so häufig auf, dass generell von einem Programmfehler ausgegangen werden kann, aber oft genug (1 x im Monat?). Es könnte sein, dass Dokumente doppelt geöffnet werden, die dann von einem folgenden Dokument im Backend gespeichert werden (aus dem Hauptdokument wird ein zu versendendes Dokument erstellt, dass beim (späteren) Versand im Hauptdokument einen Protokollvermerk anbringt). Habe noch keine Regelmäßigkeit gefunden, um das abzustellen.
Wir reparieren das, indem wir bei beiden Replizierkonflikten die Felder $REF und $CONFLICT löschen, prüfen dann die Vollständigkeit des eigentlichen Hauptdokuments (bei uns leicht zu erkennen, da das Hauptdokument i.d.R. Antwortdokumente hat), übertragen ggf. alle Felder aus dem aktuelleren Dokument in das Hauptdokument (das kommt sehr selten vor) und löschen dann das (oder auch die, manchmal sind es mehrere) überflüssige Dokument. Ein (halb)automatisches Löschen aller Replizierkonflikte wäre da natürlich völlig falsch.