Ich denke mal, dass sich die Größe der Datenbanken durchaus schonmal ändert und der Agent ja auch für was da ist.
Wie schon Axel gesagt hat, da bräuchten wir in jedem Fall mehr Informationen über System und was der Agent macht.
Soweit ich das im ersten Post verstanden hatte, war der Fehler doch scheinbar durch den Agent provoziert worden.
Was sagt denn das Ausführungs-Log vom Agent?
Hast Du denn mal testweise die von mir genannte Notes.ini-Einstellung versucht? Ist ja nur ein Test, der schnell wieder rückgängig gemacht werden kann.