Es gibt hier einen entscheidenden Unterschied, Dein Acrobat Objekt läuft auf dem Systemkonto - vom Client gestartet ist es das Benutzerkonto.
Hast Du mal versucht, den Server auf dem Userkonto zu starten? Wenn es dann funktioniert, ist genau dass das Problem.
Wenn Du den Acrobat wenigstens einmal sichtbar auf dem Systemkonto laufen lässt, werden auch alle relevanten Registry Einträge und diese nervige Lizenzbestätigung für dieses Konto gespeichert. Ein ähnliches Problem hatte ich auch mal mit einer OpenOffice-Anbindung auf dem Server. Nachdem OoO einmalig sichtbar auf dem Systemkonto gelaufen ist und alle Grundeinstellungen gesetzt waren hat das ganze wunderbar verborgen funktioniert.
Die gleiche Problematik gibt es mit Mappings, die laufen auch unter dem Benutzerkonto und sind für das Systemkonto unsichtbar.