Wenn ich mich nicht irre, dann reicht es die folg. Dateien zu löschen (oder verschieben, zwecks Sicherung) und danach einfach den Server erneut zu konfigurieren.
Domino Programmverzeichnis: notes.ini
Domino Datenverzeichnis: names.nsf, log.nsf, certlog.nsf, ID files, Mail files, ev. die Templates.