Hab die Lösung!!
Hab mit einem unserer Admins und dem Tool Regshot (freeware) die Lösung gefunden.
Als erstes Regshot macht einen Abgleich der Registry durch einen vorher, nachher vergleich. Die Logdatei am Ende zeigt jeden Reg-Key doppelt an, nämlich vor und nach der Änderung
So also ich hab einfach die Verknüpfung "vom Startmenü gelöst" und eine bereits vorhandene Verknüpfung vom Desktop "ans Startmenü angeheftet"
Resultat:
Die unten stehenden Reg-Keys haben sich geändert, nach einem import war die Verknüpfung ersetzt
HKU\......\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartPage\FavoritesResolve:
HKU\......\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartPage\Favorites:
HKU\......\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartPage\FavoritesChanges: