Zuerst einmal in den Settings die Option unter "Other" -> "Display this view when starting" auf "Mail" setzen, damit das ganze sauber aussieht, wenn man DWA startet.
Und wieso denn Schablonen anpassen? Merkt sich Notes doch sowieso, wenn man das einstellt, dass die neuen Mails oben erscheinen. Zumindest ist das bei mir so.