Wir haben eine zeitlang auch Probleme mit Replikation über VPN gehabt, allerdings setzen wir da nicht Novell ein.
Problem war wohl, daß nach der Anmeldung an der Firewall die Verbindung nicht aufgebaut werden konnte, weil die Notesreplikation schon losgelaufen war und vor der Anmeldung keine Verbindung bekommen hat.
Einzige Lösung war, die Arbeitsumgebung einmal auf Insel und dann wieder auf Büro (oder die entsprechende für VPN) zu wechseln. Danach konnte dann die Verbindung zum Server hergestellt und repliziert werden.
Evtl. einfach mal ausprobieren.