Zunächst einmal würde ich der Sache auf den Grund gehen, warum denn so plötzlich einfach Dokumente gelöscht werden.
Zu Deiner eigentlichen Frage:
Du kannst z.B. über GetDocumentByUNID nachsehen, ob das Hauptdokument (anhand $REF) vorhanden ist, wenn nicht: Dokument löschen.
Matthias