Die zusätzlichen Felder gehen immer verloren, wenn Du die einfach mit in das Dokument übernimmst. Die Maildatenbank kennt die Felder nicht und daher können die in einer Antwort auch nicht berücksichtigt werden.
Die einfachste (und vermutlich auch zuverlässigste) Lösung ist, z.B. die Kundennummer mit in das Subject zu schreiben. Solange der Antwortende die Mail nicht manipuliert, hast Du so auf jeden Fall die Kundennummer immer mit in der Antwortmail drin.
Oft werden bei so einem Verfahren dann noch Sonderzeichen mit dem Kennzeichen verbunden, um beim Parsen des Subjects dann sicherzustellen, daß es sich auch tatsächlich um die Kundennummer handelt und nicht um irgendeine andere Nummer, die zufällig einer Kundennummer entspricht.
Die Kundennummern ins Body zu schreiben ist nicht nur für die Verarbeitung wesentlich aufwändiger, sondern auch unzuverlässiger. Wer garantiert Dir denn, daß der Antwortende auch wirklich inkl. Originalmail antwortet ?