Weiß nicht, ob es hilft, aber wir hatten ein ähnliches Problem bei Mitarbeitern, die noch aus der 5er Notes-Zeit stammten (bzw. ihre Datenbanken).
Wenn wir bei denen die Schablone auf die 7.02er aktualisierten, waren auch alle Einträge im Posteingang verschwunden, obwohl sie die 6er-Schablone zuvor hatten.
Trat nachvollziehbarer Weise nur bei den Leuten auf, die wie gesagt schon ihre DBs aus den 5er Zeiten hatten.
Workaround damals: Wir haben schlicht im Posteingang einen Ordner angelegt, alle Mails aus dem Maileingang dort reingeschoben und dann den Schablonenwechsel durchgeführt.
Danach die Mails wieder zurückgeschoben und Ordner wieder gelöscht.
War warscheinlich etwas Quick&Dirty aber hat geholfen. Andere Einschränkungen konnten wir nicht feststellen.