Nein, es hat nichts mit der Kodierung zu tun, sondern mit dem Virenscanner/Spamfilter, welcher die Header der Mail dahingehend verändert, dass der MUA auf Empfängerseite nicht mehr erkennt, dass die Mail Base64 encoded ist.
Wenn Du den Virenscanner/Spamfilter für ausgehende Mails deaktivierst bin ich mir sicher, dass die E-Mail korrekt ankommt.