Aha, ich hatte mal ein Ähnliches Problem und konnte es dadurch lösen, dass ich das Dokument aus der Embedded View in einem Popup Window geöffnet habe.
D.h. ich habe den QueryDocumentOpen? Event der Ansicht umgebogen, sodass das Dokument als Popup geöffnet wurde. So konnte ich auch sicherstellen, dass das geöffnete Dokument auch wieder geschlossen wird, bevor am UIDoc was geändert wird.
Da dann der Event in der Ansicht verwendet wird, kann ich auch auf das UIDoc zugreifen und es refreshen/neu laden.