Ich kann da leider nicht mehr beisteuern, da ich mich mit Sametime überhaupt nicht auskenne. Wenn der Sametime tatsächlich Port 80 "übernommen" hat, weiß ich auch keinen Rat.
Wenn es nur um die Homepage geht, dann kannst Du im Serverdokument unter Internet Protocols -> HTTP -> Mapping die Home-URL überschreiben (servlet/traveler).