Wie kommst du zur Annahme, dass Messages nicht gefunden werden, die aber geschickt wurden - Useraussage? Findest du Routing Einträge im Logfile? Eventuell hats auch was mit dem Index der MTdata zu tun -> tell mtc reindex.
Oder vielleicht hat der User die Möglichkeit mit mehreren Accounst zu schicken - z.B. User hat seine eigene DB1 und eine delegierte DB2. Schickt aus der delegierten DB2 ein Mail und ruft bei dir an, dass du ihm ein Mail raussuchst, was er aus der DB1 geschickt hat.