Erstmal besten Dank für die Antworten.
Die DA war in der Tat verantwortlich. Das Problem war folgendes:
1.) Im DA habe ich ein Verzeichnis eines anderen Servers eingetragen.
2.) Die DA hat die Verbindung über unsere Firewall zum RemoteServer aufgebaut und das Verzeichnis aktualisiert (Performance kein Thema). Soweit so gut. DA hat die Verbindung aber nicht wieder abgebaut, obwohl keine Daten übertragen wurden.
3.) Die Firewall hat dadurch nach ca. 30 min die Verbindung der DA gekappt. Daraufhin muss die DA für ca. 5 min die Kommunikation des Domino Servers blockiert haben (HTTP, Replication usw.).
4.) Danach ging der Zirkus wieder von vorne los.
Ich habe das jetzt so gelöst, wie knoedel0815 es schon vorgeschlagen hat. Also Replik auf'm Server und dann die DA darauf Verweisen.
Et voilà, der Server läuft und antwortet, dass einem unheimlich wird.
Unter Domino 5 gab es die Probleme nicht und meiner Meinung nach ist es ein Bug. Die DA darf das System nicht blockieren, nur weil sie ein Remote Verzeichnis nicht findet.
Naja, zumindest funktioniert's jetzt.
Bzgl. CentOS hat matze79 recht und das System läuft auch recht zuverlässig.