Also ich persönlich würde ja erstmal die doppelte ID entfernen: Wenn Du die ID in der Vault hast, brauchst Du die direkt im Mailfile nicht mehr. Die ID liegt in einem Profil names "$shimmerid".
Ich würde diese als mögliche Fehlerursache ausschließen und die ID aus dem mailfile entfernen:
Dim session As New NotesSession
Dim db As NotesDatabase
Dim doc As NotesDocument
Set db=session.CurrentDatabase
'- bzw für die Maildatenbank eines anderen users:
'Set db = New Notesdatabase( "MailServer" , "mail\mailfile.nsf" )
Set doc=db.GetProfileDocument("$shimmerid")
Call doc.remove(True)
Msgbox "Profile Document is Successfully Removed"
Der Code wurde geklaut aus diesem KB Artikel. (https://support.hcltechsw.com/csm?id=kb_article&sysparm_article=KB0088839)