@it898ur: Vielen Dank für den Tipp. Damit werde ich mich auch noch einmal in Ruhe beschäftigen.
Ich habe es jetzt erst einmal über eine Batch-Datei gelöst, die per Script generiert und ausgeführt wird. Darin kann man gezielt Dateien archivieren (mithilfe eines installierten Tools wie 7zip oder Winrar). Das geht dann etwa so:
@echo off
C:\7-Zip\7z.exe a -r Ziel.zip dat1.txt dat2.txt
exit;
Java wäre aber wohl die elegantere Variante.