Ich tippe mal, dass Du die Facets nicht aktiviert hast. Dein ApplicationLayout sollte minimal so aussehen:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<xp:view xmlns:xp="http://www.ibm.com/xsp/core" xmlns:xe="http://www.ibm.com/xsp/coreex">
<xe:applicationLayout id="applicationLayout1">
<xe:this.facets>
<xp:callback facetName="facetLeft" id="facetLeft" xp:key="LeftColumn">
</xp:callback>
</xe:this.facets>
<xp:callback facetName="facetMiddle" id="facetMiddle"></xp:callback>
<xe:this.configuration>
<xe:applicationConfiguration>
</xe:applicationConfiguration>
</xe:this.configuration>
</xe:applicationLayout>
</xp:view>
(hier sind die beiden Facets 'facetLeft' und 'facetMiddle' aktiviert)
Wenn Du nun das Custom Control mit dem Application Layout in eine XPage ziehst, kannst Du anschließend in diese Facets die Ansicht oder so ziehen. Diese Facets kann man am einfachsten in den Eigenschaften des "Application Layout" aktivieren...