So ich habe es nun probiert und es klappt tatsächlich einfach per Script und der Methode .remove
Ich habe folgendes Script laufen lassen und alle meine Dokumente sind in den Papierkorb gewandert.
Dim s As New NotesSession
Dim docCol As NotesDocumentCollection
Set docCol = s.CurrentDatabase.AllDocuments
Dim doc, delDoc As NotesDocument
Set doc = docCol.GetFirstDocument
Do Until doc Is Nothing
Set delDoc = doc
Set doc = docCol.GetNextDocument(doc)
Call delDoc.Remove(True)
Loop
Manchmal ist es doch einfacher als man vermutet. Danke für die Hilfe.