Dafür müsste man natürlich erstmal wissen, wie der JavaAgent zeilenumbrüche erzeugt.
Java verwendet auf der jeweiligen OS Plattform das was in den System Properties der JVM steht.
Du kannst an diesen Wert kommen, über:
System.getProperties("line.separator");
Zeilenumbrüche in Strings programmiert man in Java in aller Regel mit "
Normalerweise macht das keine Probleme. Vielleicht gibt es aber mit Notes issues. M3 hat glaub ich mal etwas der Art gemeldet.